一个致命的问题是，健力宝的很多管理者似乎都在误解着流程背后的真正含义，没有真正把优化企业的供应链，打造优质的企业价值链作为最大的流程，陷入了“为流程而流程”的不良循环中。虽然各部门都制订有详细的工作流程，但这些大都只是站在本部门的角度甚至是从维护本部门利益的狭隘层面来制订，这显然违背了流程的本来面貌。健力宝的流程管理从来就缺乏战略高度，缺乏全局观，缺乏以顾客为尊，以如何提高效率为基本准则的指导思想。
2003年，一本名为《执行》的美国畅销书让2004年成为中国企业的“执行年”。《执行》将制订流程作为企业是否拥有强大执行力的衡量依据之一。其中人员流程、战略流程、运营流程被该书的作者视为执行有力的三个最核心流程。该书作者认为，建立有效的人员流程是要将企业的战略与具体运营建立起紧密的联系，而战略流程又是为了能够将人员与运营结合起来，运营流程则是在战略与人员之间建立联系。
看看健力宝的人员流程。在健力宝集团层面的人员任免流程里，分别有《总裁聘任和审批流程》、《执行总裁和财务总监任免流程》、《总经理助理以上人员任免流程》、《经理、副经理任免流程》、《副经理以下任免流程》五个流程，而在子公司层面，同样也有五个人员任免流程，也就是说，在健力宝集团关于人员任免流程竟有10个之多。事实上，这些干部任免流程只需要用一个人事任免规定的文件就完全可以说清楚的，根本不需要弄出规模庞大的10个流程出来。
3、不良企业文化
2003年下半年，健力宝曾经组织一次大规模的企业文化调查，调查的结果显示，健力宝的企业文化令人非常担忧。例如，对什么是危险的企业文化，员工这么回答：
没有企业理想，没有目标，没有核心理念，没有计划，没有活力；管理混乱，权责不清，赏罚不明；拉帮结派，各自为营，践踏制度，脱离组织；上言堂，趾高气扬；固步自封，自以为是，脱离实际，流于形式。
