财税体制扭曲雪上加霜
改革开放以来，中国各级财政对行政部门和行政性事业单位实行了经费完全自收自支、财政拨款和自己筹集相结合、允许党政机构办企业补充经费、全额财政拨款等等体制。20世纪90年代后期对党政机关办企业进行了清理，此项改革较为彻底；后来又对行政性收费进行了清理，但是，由于许多收入项目已经进入了供养机构和人员的支出，财政又无力也不想弥补，量大的收费并没有被清理掉；而财政进行的所谓的“收支两条线”改革，实际上将许多不合理的行政性收费合法化了。
各级财政希望通过各机构多收行政性收费和罚款来增加财政收入，因而普遍实行超收奖励、罚款分成的体制。这样，许多行政性机构为了超额完成收费和罚款任务，正式和非正式地(如口头)确定目标和下达任务，并与行政人员的工资奖励等挂钩，导致各行政部门设置较高收费和罚款标准，并且各部门各机构重复收费和罚款.这一目前世界上可能中国特有的财政收支体制极大恶化了个体工商户、微型和中小企业的生存环境。
我国工商局登记的个体工商户数量，从1999年时的3160万户减少为2004年的2350万户，其统计的就业人数也从最多的1999年的6241万人减少到2004年的4587万人。而2004年统计局经济普查数据，个体经营户3921.6万户，个体经营人员9422.4万人，比工商局数据分别多1571.6万户和4835万人。这说明，在工商局注册登记导致的企业规费成本太高，使许多个体工商户成为非正规个体经营户。如果将其纳入工商局的正规管理，估计至少还要减少1000万个体经营户和2400万人的就业机会。
特别需要指出的是，政府各部门对于微型和中小企业越来越多的收费和罚款动力，很大程度上是1994年以后中央与地方的分税制改革所迫。税制改革后，地方政府的财政收入占整个财政收入的比重逐年下降，从1993年的78%下降到2004年的42.7%；中央政府的财政收入占整个财政收入的比重却明显上升，从1993年的22%上升到2004年的57.2%。而地方政府的财政支出占整个财政支出的比重却没有相应的变化，一直在70%左右的水平上波动。特别是县乡级财政在整个财政收入中所占的比重更低。
