为加速推进农业历史性转变，实现可持续发展，根据依法治国方略的要求，结合当前浙江省农业法制和行政执法工作实际，今后一个时期农业行政执法的指导思想是：以党的十六大和十六届四中全会精神为指导，贯彻落实国务院《全面推进依法行政纲要》，贯彻和落实科学发展观，以法律法规为依据，全面提高干部职工的法律素质，提高立法、执法和普法水平，加大依法行政力度，为稳固农业基础地位，保护农业安全生产，维护农民的合法权益，全面推进农业和农村现代化建设，提供坚实的法律保障。
根据上述指导思想，今后3-5年农业行政执法工作的基本目标：紧紧围绕《全面推进依法行政纲要》提出的依法行政要求，不断完善农业法律体系，积极履行行政执法职能，深入开展法制宣传教育，抓好农业执法队伍建设，以适应农村经济全面发展和率先基本实现农业现代化的需要。
——法规体系基本健全。根据农业和农村工作实际，以及市场经济体制完善的需要，抓紧研究制定相关法规和规章，建立起门类比较齐全、结构合理、相互配套、操作可行的法律体系。
——执法工作运行高效。在全省农业部门建立权责明确、行为规范、监督有效、保障有力的行政执法体系，做到执法主体、执法行为、执法监督规范化；努力形成一支政治合格、业务精通、装备完善、作风过硬、高效廉洁的专职综合执法队伍。
——市场秩序明显好转。进一步加大执法力度，标本兼治，使农资市场秩序基本好转，农民的权益得到有效保护，做到立案查处率、处罚结案率和办案正确率98%以上。
——法律素质明显提高。普法教育得到切实加强，农资生产和经营人员普法面达80%以上；农业系统干部职工的普法面达90%以上；农业系统领导干部和行政执法人员的普法面达100%。法律意识和素质明显提高。
三、深化改革，完善体制，全面推进执法体系规范化建设