三九集团入主胶带股份后，对其进行了前后两次资产重组。
第一次资产重组采用了资产置换及出售方案，涉及企业达24家。通过重组，把胶带股份在以往年度生产经营过程中所形成的所有不良资产置出或出售，取而代之的是三九集团的优质资产。这次重组，置换和出售的资产额为4.49亿元，占该公司当年总资产的71.67%。
通过重组，胶带股份的财务状况有了根本性的好转，与此同时，该公司实现了主营业务的全面转型，借助置入的优质资产，使胶带股份形成了医药、医疗和橡胶管带行业并举的格局，为公司的稳定发展奠定了坚实的基础。
2002年，为了进一步调整胶带股份的产业结构，三九集团对胶带股份实施了第二次资产重组——胶带股份以其持有的三九医院有限公司19.82%权益，与三九集团旗下另一上市公司三九医药所持有的宁波药材股份有限公司62.587%股权进行置换。
至2002年年底，三九集团对胶带股份的重组全部完成。经过重组后，胶带股份已经彻底改头换面，从一家主营管带产品的公司，变成为一家主营生物基因工程药物的上市公司(2003年6月，胶带股份更名为上海三九科技发展股份有限公司，股票简称改为“三九发展”)。
2003年是三九发展重组完成之后的第一个完整会计年度——三九发展董事长崔军在描述这一年的重组后续工作时称，“公司的主要工作重点是对重组后的资源进行重新调配和整合，达到资源使用效率的最大化。”
根据三九发展重组完成后的第一份半年度报告显示，该公司各项经营业务均取得了较好的业绩——公司的主要经营产品均有较大的增长，医药产业销售收入达到1.94亿元，比上年同期增长221.97%，占公司上半年总销售收入的84%；橡胶胶带制品实现利润1059.57万元，利润率为29.69%，相比上年同期也有所增加。
三九集团注重于培育旗下上市公司的主营业务，以使其具备长期的盈利能力，其旗下3家上市公司——三九医药以中药现代化及医疗服务为主营方向；三九生化以生化制药和生物工程为主营业务；三九发展以生物基因工程药物为主营方向。
