秦山核电公司每年投入技改资金数千万元，平均每年完成技改项目130多项，在对安全性、可靠性和经济性全面分析的基础上，确立了20项重要技术改造项目，实施中长期滚动管理，分步组织实施，不断提高系统和设备的可靠性。
为保证更新改造的顺利进行，公司对更新改造工作的管理也进行了调整：在公司的组织机构方面，公司专门成立了技术委员会并组建了系统工程部。系统工程部的职责是全面监督电站系统与设备状况、对设备更新改造的全过程进行归口管理与控制。技术委员会是总经理部的咨询机构，受总经理委托对所有重、特大技改项目进行可行性报告评审、设计审查，为总经理部的最后决策提供咨询意见。所有重、特大技改项目都成立一个项目组，由项目经理领导，负责项目从准备到实施直至验收评价全过程的管理。对特大项目，公司还成立领导小组，对项目进行指导、监督与决策。在过程控制方面，公司对技术改造按项目管理模式进行管理，为此，公司制定了《项目管理制度》及与之配套的实施程序，对技改的全过程进行控制。技改项目一般要经历可行性研究、承包商选择/合同谈判、设计/设计评审、设备制造/采购、现场安装、调试验收及项目评价等阶段，整个过程中设置了一系列的控制点以利于对项目进行质量、进度及费用控制。
不断的技术改造已经使电厂的运行性能有了很大改善，其效果已在近几年的运行中初步显现出来，主要表现在：首先，核安全审评的遗留问题得到了解决。受当时国内核电技术能力及资金的限制，秦山核电站的设计、建造、调试及投运各阶段的核安全审评中都留下了一些限期整改的问题，如，增设压力容器水位监测系统等。通过不断的技术改造，这些遗留问题基本上都已关闭。其次，核电站安全性能不断提高。技术改造使秦山核电站的许多安全相关系统的性能得以提高。如，一回路海水系统是保证堆芯冷却，事故情况下防止燃料过热损坏的重要安全系统，因为没有按规定的标准(如抗震)设计、制造、安装，以至于运行中故障率高，甚至发生了因埋地管腐蚀而导致的海水泄露事件。该系统经全面的技术改造后整体性能大幅提高，已满足了核安全法规的要求。最后，核电站运行性能不断提高。技术改造使秦山核电站与发电相关系统的性能得以不断改善，从而使电站的运行性能不断提高。单个燃料循环连续发电时间增加，机组能力因子上升，2001年已超过93%，非计划自动停机/停堆次数下降等。
