尽管在1938—1941年的“孤岛”时期，在租界的荣家企业盈利颇丰，但1941年末太平洋战争爆发后，与美英均已敌对的日本侵略军终于无所顾忌地进入上海租界，开始大肆掠夺。
据《荣家企业史料》记载，在日军掠夺之下，在上海的企业除去“申二”、“申九”两厂虎口余生外，其他各厂“基本上都不在荣氏的名下”，“申五”、“申七”和“申三”被日军委托的日商强行经营，“申六”被强占。日本军方还将“福三”、“福六”、“福一”交给了日商三兴面粉公司经营，并将厂名分别改为“三兴”一、二厂和四厂。在无锡的“茂二”则由日商华友制粉公司据为己有，并改名为华友大新面粉厂；“茂新”一、三厂在激战中被毁……
八年抗战，留驻在沿海省份的荣家企业绝大多数都没能逃脱被摧毁或被掠走的命运。“但荣家企业对于抗战胜利的贡献并不在于赚取了多少利润或是保留多少企业资产在名下，而更多的是一种精神上的支持。”中国社科院研究近代工商业的一位研究员评价道，“那么一个大型民族企业集团决定留驻大陆，这种鼓舞不是能用利润和资产来衡量的。”
政府入川，汉口企业拆迁
抗战期间，还有一小部分的荣家企业迁往了内地。这就是荣德生的女婿李国伟掌管的申新四厂和福新五厂。据1939年8月20日“申四”、“福五”重庆厂向国民党政府经济部工矿调整处报告：1938年8月，“申四”、“福五”厂开始由汉迁运。翌年1月20日和5月1日，“申四”、“福五”重庆厂先后建成开工。
其实，对于“申四”、“福五”的内迁，包括荣德生在内的上海各股东以及武汉当地的部分股东都是反对的，“这其中的主要原因，还是对蒋介石政府所能够给予的投资办厂环境的不信任。”上海社科院经济研究所研究员陆兴隆说。
