北京同仁堂在发展时期积累的信誉，令其立于世界竞争的不败之林。他现在的无形之产，早已超过其有形资产。而这种信誉的积累，势必会一直持续下去。随着时间的变更，这些名品的地位也会越巩固。
2003年，在抗击“非典”的日子里，同仁堂针对当时中药饮片供应急剧上升、原料价格大幅上涨的情况，拿出1000万元平抑中药市场价格。所属各药店对外公开3项保证：保证产品质量；保证市场抗“非典”药供应；保证药品不涨价。累计向社会提供“非典”药和瓶装代煎液298.16万付，解决了近100万人次的用药需求。
明确的战略规划和明确的战略目标是北京同仁堂成功的另外一个秘密。
2002年，同仁堂制定了中长期发展规划。战略定位是：“以现代中药为核心，发展生命健康产业，成为国际驰名的现代中医药集团”。战略目标是：“奋斗十年双加零”，即到2011年总销售和利润比2001年分别增长10倍，销售额达到300亿元，利润达到13亿元。
为了实现这一规划，同仁堂提出抓好3个基础（产业）———制药工业、零售商业和医疗服务（中医院），并配套确定了发展现代制药业、零售药业和医疗服务3大板块的“1032”工程，形成10大公司、两大基地、两个院、两个中心的产业布局。两个上市公司聘请了境内外8位专家作为独立董事，参与公司重大事项的决策，确保公司健康发展。
在具体操作中同仁堂集团在保证上市公司良性循环的基础上，一方面果断采取了“托管”措施，即将集团公司所属部分企业委托给两个上市公司管理，实现优势互补，并运用上市企业的管理机制改造集团公司所属企业，盘活了大约5亿元的存量资产，使集团整体实现脱困。其主要标志是：集团公司全部企业均已改制成为股份有限公司或有限责任公司，全部实现了盈利；母体不靠两个上市公司及子公司的投资回报仍可实现盈利；实际控制的资产规模已达63亿元。
1995年以来，同仁堂投入工装设备改造资金数亿元，重点打造产品质量问题，同仁堂保证产品质量，不单单是靠现代化的设备，还有同仁堂人的传统，同仁堂人的责任感。特别是投资近6亿元的位于亦庄的两大生产基地，更具科技含量和现代化水平。基地建有8条符合GMP标准的生产线，均通过了国家GMP认证，其中10条生产线通过澳大利亚GMP认证。
