但质疑与批评随之而来。对于苗圩最为看重的“整体合资”，业内认为：合资拿走了东风最精华的资产，东风实际丧失了对合资公司的控制权，并就此沦为国外企业的打工者；在东风先后宣布与PSA、日产、起亚、本田、雷诺等跨国汽车企业合资之后，实际上，除了载重卡车，东风已经没有自主汽车品牌。业界质疑，东风把整个集团的资产都放进了与跨国汽车公司合资的“篮子”里，等于把自己的研发体系也全盘托付给了跨国汽车巨头。
对此，苗圩曾经向媒体作过形象的比喻，“一个人要吃十个馒头才能饱，自主品牌就是第十个馒头，而合资就是前九个；没有前九个，第十个无从谈起。”
除了应付外界质疑，苗圩还必须对内做思想工作，东风的一名员工回忆，普通员工对苗圩最深刻的印象，就是苗圩在大会上的发言。苗圩经常脱开讲稿一两个小时，从国际汽车形势讲到国内汽车市场，力求用最详细的语言向干部和员工解释他的施政措施。“他对汽车行业认识的确很丰富，尤其擅长做思想工作。”东风的一名员工评价说。
2004年国内汽车市场井喷结束。据PSA公布数据，神龙汽车去年实际亏损高达9.85亿元。而日产乘用车公司的销量，却在国内乘用车市场的增幅约为15％的情况下，出现了6.6％的负增长。在总销量上，东风居然首度被长安等后起之秀挤出了“三大”汽车集团的序列。东风面临的严峻市场情况，让来自外部和内部的质疑与日俱增。
但苗圩依然没有减缓自己的步伐。苗圩力主将东风总部从位于秦巴山区的十堰迁到了素有“九省通衢”之称的武汉，这是苗圩的前任曾经想做而没有做成的。此前，东风已在湖北襄樊、广州、江苏等地建设了新生产基地。在离任东风之前，苗圩又在积极推进东风集团香港整体上市工作。业内人士评价，苗圩几乎是在毫不妥协地推动东风跳出山沟，继而走向国际化。
东风的一名员工也评价说，苗圩在具体措施上会采取一些迂回的怀柔的做法，但大方向上非常激进，“在公司内部，大家把他看作是一个激进的改革派”。
