但是在2001年早些时候，灾难降临了。
政府监管机构开始调查关于基金经理们互相勾结，操纵投资股票的价格的指控，尤其是在1998年8月至2000年10月之间多次买卖同一只股票，人为炒作股票的行为。中国证监会在2002年早些时候公开谴责博时，并对一些员工给予了行政处罚。博时在一份公告中声称，肖风及其他一些员工对此负有责任。于是，两位基金经理辞职了；新的总经理在有关调查开始时上任了，肖风则被降为副董事长。但在经历了长达一年的调查后，他被证明是无辜的，并官复原职。
这是一段不堪回首的岁月，不过中国证监会的矛头不仅仅针对博时和肖风。在当时总共10家基金管理公司中，证监会发现其中8家非法抬高股价。由于博时是业内的龙头老大，国内媒体自然把注意力放在了它的身上。证监会调查的导火线是杂志在2000年晚些时候载文揭露中国基金业操纵股价的黑幕。因此，证监会规定基金公司必须设立独立董事。
于是姚钢进入了公众的视线，他是肖风的导师，也是几家知名思想库的资深专家，参与创建上海及深圳的证券交易所以及深圳的B股市场。姚钢还拥有证券业的从业经历。两人是在肖风在中国人民银行任职时认识的。作为肖风上司的朋友，姚钢发现了肖风的天赋，于是提议加以提拔重用。在姚钢的推荐及其他因素的作用下，肖风于两年后被提为中国证监会派驻深圳的第二号负责人。
救火队员来了。这位直言不讳、意志坚定的专家当时任教于中国社会科学院(ChineseAcademyofSocialSciences)，他二话没说就答应了肖风的请求，协助改革博时。在姚钢的推动下，博时成立了5个专门委员会，制定了严格的制度来管理基金经理。
博时的基金经理们只能对根据统一标准筛选出来的股票进行选择性投资。该公司还引进了人力资源专家，并成立了向独立董事负责的内部审计核查部门。所设立的5个委员会定期会面，而且每次开会必须有至少两名独立董事到场。博时加强了公司治理；独立董事们目前在公司发挥著重要作用。姚钢表示：“一位独立董事就能否决一切。“
