孙文杰属于喜欢迎难而上的人，于是他在中建开始了义无返顾的变革。他提出“结构公司化”的措施，大力推进“裁短管理链条、整合同级企业”。例如，在国内，通过对同城分公司的整合，对异地没有经营业务和产出能力的分公司的关闭、托管和歇业，以及改海外经营的“外交布局”为“商业布局”，中建已经削减了700多个分支机构，年节约管理费达1.7亿元。另外，孙文杰还在中建全系统组织优势企业重点突围，如中建整合国内外优势资产，组建了国内外经营一体化的“中建国际建设公司”，同时整合国内优势地产和承包业资源，并引进外资组建了“中海地产股份有限公司”、“中建三局工程建设股份公司”、“中建保华工程建设股份公司”等公司。“重点突围”使这些公司都实现了产权多元化，建立了规范的现代法人治理结构，也促使它们的业绩大幅提升。例如，去年中建国际建设公司的合同额、营业额以及利润分别增长了91%、68%和88%。孙文杰认为，国有企业最大的问题在于它们不是真正的公司，公司治理结构很不完善，企业决策不是一个人说了算就是没有人说了算，他对正在修订的《公司法》改变国有企业治理现状寄予了厚望，而他目前在中建所做的改革仍然只是局部优化而已。
孙文杰的管理理念是法治。他认为，法治虽然牺牲了一定的速度，但是保证了不发生大的错误，而人治可能在某一个时段发展很快，但却隐藏著发生大错误的可能。在中国海外集团工作时，孙文杰规定，重大决策都要经过讨论，如购买土地的决策由总经理和两个副总一起讨论决定，而当定分包商的时候，总经理则不参加。这种体制保证了不大容易发生腐败，因为总经理不参与选择分包商，就可以监督下属，而购地决策也不是由总经理一个人说了算。“虽然是一个小小的变化，但决策的人、执行的人和监督的人分开了，情况就大不一样了。”孙文杰说。现在，孙文杰在中建也大力推进法治，制定了不少规章制度。作为中建的总经理，他自嘲说自己既是中建最有权的人，同时又是最没有权的人，因为所有的事都要按照制度办。例如，星期日用车，孙文杰自己并不能定，必需向办公室主任申请。今年58岁的孙文杰每天8点半准时上班，本来因为年纪有点大，晚上应酬又多，他想晚点上班，但最终他也没有给自己格外“开恩”。“制度如此，我也不能违反呀！”孙文杰说。
