多年来，伊利严格按照ISO9002国际质量体系要求运作，建立了一整套完善的质量控制体系，从制度上保证了产品的质量安全，目前伊利涉及到质量控制的制度有几十项之多。在完善\"软件\"的同时，伊利还在\"硬件\"上加大投入力度。2000年投资数千万元引进具有世界一流水平的检验设备，以提高公司产品质量以及提升产品质量的监控水平。据介绍，伊利的检测控制水平已相当成熟，从原奶、原辅料的进厂验收，到每一个工序的控制都需经过严格检验，合格后方能转入下道工序，这就从程序上有效地控制了产品质量。
为确保奶源的安全，伊利一方面在原奶基地执行\"奶站HACCP标准\"，另一方面大量采用世界最先进的微生物快速检测设备，并积极进行检测方法的开发，以有效防止各种原因给公司奶源带来的质量问题。为确保加工过程的安全，伊利一方面对供应商及其产品质量进行定期评估，保证所引进生产设备的安全可靠；另一方面提出\"质量零缺陷\"口号，在事业部建立产品质量检验中心，全面加强生产过程的管理和控制。此外，为加强售后质量跟踪，伊利还建立了对经销商和分销商的产品投诉系统及其运行定期进行检查和评估，以确保产品在售出后如发现任何质量问题都能及时有效的得到消费者的意见回馈。
在严格的质量控制体系之下，伊利获得了一系列国际质量认证。1996年12月，伊利奶粉厂和冷冻食品公司正式通过了GB/T19002-IS09002标准质量体系认证，成为我国乳品企业中第一家通过该认证的企业。2002年，伊利又在国内乳品企业中率先通过了HACCP质量认证体系，HACCP的含义是\"危害分析与关键控制点\"，它是一套目前国际上广泛运用的在食品生产过程中用以预测危害可能发生的地方，从而对之进行有效控制以防止危害产生的体系，是目前世界公认的能大限度地保证食品安全卫生的质量保证系统。运用它可以有效预测、确认、分析、控制生产的各个环节中可能发生的生物、化学、物理危害。该认证的获得，标志着伊利的质量管理水平达到了国际水平。
