魏新的一切努力都可以说是为方正“造钟”，或者准确地说，他在努力将方正打造成一个走得准的时钟。魏新十分推崇《基业长青》中的“时钟机制”观点，大概的意思是，一个企业如果要永远健康发展，不能仅仅靠领袖的英明，更重要的是建立制度机制，靠制度而不是人治来保证企业发展。魏新强调，只有制度才能在根本上杜绝企业内乱，从而保证企业管理者能放手在制度的轨道里去推动企业发展。确实，魏新是有感而发，因为他本人也面临着权力的困境，也就是说，北大对他的信任能有多久，授权的广度和力度，这些都无法在企业内部的制度框架里得到解决。在另一个侧面就是说方正的经营成绩不能百分之百地保证魏新的领导权力。这是方正的病根，也表现为国企的病根。显然，魏新很谨慎，没有触碰很敏感的产权与授权问题，于是他的目标首先是使集团的管理制度健全有效地发生作用。也就是说，先将集团的管理框架搭好，保证整个集团能够成为有机的整体，保证集团对于子公司的人事权、财务权以及重大资源的调配权。于是，魏新提出“控制权上移，经营权下放”，以及“五个统一”，并通过人事上的变化实现这些构想。
魏新的领导权威首先来自于校方以及王选的认可与支持，这种认可与支持首先来自于情感的认同，因为魏新是北大人，厉以宁的学生，教育经济学的国内权威，加上有过美国的留学经验，精通资本运作，但北大利益能被他天然地坚持与尊重却是首先被考虑的。自然，能力也很重要，而魏新的能力在方正科技的几年发展中得到证实。但魏新仍然需要校方选择性的承诺——为了方正发展，必须启动绝对信任，并将这种信任给予一个人。魏新取得了这种信任。
2001年，祝剑秋发难，魏新随后改变方正科技原有的管理模式，将原方正电脑公司重组为方正科技电脑公司、方正科技信息产品有限公司、方正科技软件公司，在上市公司层面构建研发、采购、制造、销售四大业务平台，建立信息、行政、财务等运营平台，方正科技的业绩表现转优。当然，这些不全是魏新本人操盘，他依靠方正科技执行总裁李友在执行层面上实现这一点 ，而且他还依靠电脑销售创造的新战绩。这些保证了方正科技改革的成功，并成功抹去祝剑秋事件的影响以及人们对于魏新本人能力的怀疑。事实上，正是在这个基础上，魏新掌握了方正，方正才进入魏新时代，校方才给予魏新更大的授权。而2004年4月的“水晶计划”表明，魏新本人又进行与方正科技相似的布局，李友成为集团的执行总裁，方正集团开始在新老两代力量的合力下向前发展。
