因此，真正理想的、适应“矩阵化”组织架构的考核体系，本身也应当是“矩阵化”的，它应当包括纵向的人事考核与横向的项目考核两个相对独立的体系。在不同的体系中，各个考核客体的角色定位、工作职责、考核指标、分配机制上都应该自成体系。
举例来说，设计部门甲中的员工A，在纵向体系中岗位是主任工程师，在人事考核中就应该按照该企业对于一个主任工程师的基本要求对他进行考核、分配，这些是相对固定的；在他参加项目接受项目考核时，情况就有所变化了，他可以担任项目经理、项目副经理、主要的设计人员乃至一般的项目助理人员，同时也主要根据他在项目运作的角色来进行考核和分配。最终，汇总他这一年度在人事考核与项目考核的成绩，可以形成一个全面的评价。只有这样，才能做到纵横两条线，虽然交叉却不交杂，真正适应企业的组织与业务特点。
二、考核指标的制定必须兼顾一线人员和二线人员的特点
在大多数勘察设计单位的考核中，收入、利润肯定是最主要的考核指标，那么对于业务部门（一线人员）如此考核尚且可行，那么职能管理部门（二线人员）又该如何呢？目前大部分单位采取的做法无外乎两种：
第一，对于二线人员的考核流于形式，主要考核工作态度等定性指标，年终时大家得分也差不多，然后按照不同的岗位系数发放不同的岗位奖金。
第二，一些单位实行全员与经济指标挂钩，无论你是一线还是二线，无论你从事具体什么岗位，收入中都切出一块，年底考核按照单位当年的收入、利润完成情况挂钩。
应该说，采取以上两种方式都不免有“过于简单”之嫌，采取第一种方式未免太流于形式，难以真正发挥考核作用；采取第二种方式又过于武断，试想对一位办公室的办事人员或者财务科财务人员考核企业的收入、利润能够发挥多少作用呢？究其原因在于大部分勘察设计单位存在“重业务、轻管理”的习惯。但是，目前大部分勘察设计单位中的二线部门管理人员都是从业务部门抽调的（有些还是业务部门中的精英），如此处理不免使这些人员产生失落情绪，发出“不如回去做业务”的感慨，长此以往企业的管理工作也是无法真正到位的
