其次是与中国政府的合作上。在2000年之后，微软逐渐重视与国内政府之间的合作。尤其是在2002年6月26日，国家发展计划委员会主任曾培炎和微软公司首席执行官鲍尔默共同签署了谅解备忘录，就此展开中国迄今为止在软件领域最大的一个对外合作项目。根据该备忘录，微软投资62亿人民币，在国家计委的支持下，与国内企业、科研单位、高等院校、国家软件产业基地等开展包括出口、投资、人才培养、技术开发等在内的一揽子合作计划。
在教育方面，2003年11月，微软与教育部签署中国基础教育信息化合作框架协议，在教育部的指导下，微软在未来五年内提供价值8200多万元人民币捐助，用以支持基础教育和师范教育，尤其是在农村和边远地区。同时加速实施长城计划，与中国的大、中、小学在学术交流、课程建设、人才培养、研究合作、教育论坛、软件学院建设等方面开展了广泛的合作和捐助，此外还提供访问学生、访问学者、支持参加国际会议等项目。
甚至在2003年2月27日，微软公司董事长兼首席软件设计师比尔·盖茨在访问北京期间，中国信息安全产品测评认证中心代表中国政府正式与微软公司签署政府源代码备案计划协议。使政府及其指定的备案单位以可控的方式查看微软Windows的源代码以及相关的技术信息，从而增强政府对于Windows平台安全性的信心。中国是全球首批与微软签署此计划的国家之一。
还有就是与国内众多企业间的相互合作。如与中软中兴等本土企业建立了战略合作伙伴关系。2003年9月，与中兴通讯建立了中兴通讯-微软软件技术实验室，此实验室目的在于借助各自在电信领域的互补优势，共同开发具市场竞争力的产品，加强在电信行业信息化建设和数字化应用领域的拓展。2003年11月，微软与中软总公司建立全球战略合作伙伴关系，双方将联合开发基于微软.NET平台的各种电子政务和行业应用解决方案，中软将获得微软企业许可授权，以支持其产品开发和应用。
