但是，由于物流服务提供者所提供的物流服务不能满足最终客户需求，加上企业对第三方物流服务绩效缺乏有效的监督和约束机制，不能直接和适时控制物流服务质量，在这种矛盾状况下就会产生物流服务不能满足最终客户需求的合作陷阱，导致双方合作陷于危机和失败。企业与物流服务商合作遭遇的困境主要来自两个方面，首先，我们来看来自客户（企业）方面的陷阱：
1、对第三方物流认识的偏差
目前国内许多企业不能对自身的物流需求进行准确描述，对物流成本缺乏科学的分析评估，对物流外包的内容与服务商的选择缺乏有效的决策机制。另一方面许多企业视物流为成本中心而非价值中心，视第三方物流服务商为卖方而非战略合作伙伴，导致双方合作表现为纯粹的契约关系，各自追求显性成本的节约而忽略了供应链合作伙伴关系的建立与双赢目标的达成，最终不欢而散。
2、对第三方物流企业能力的质疑
由于第三方物流在我国的发展只有短短几年时间，而且第三方物流企业擅长的业务领域以及经营地域也千差万别，这使得企业在考虑将其物流业务外包时，很难选定一家合适的第三方物流服务商。企业心动于为3PL的“魅力”，同时又对其能否提供高效的物流服务满怀疑惑。
3、运营情报外泄的疑虑
企业引入第三方物流来经营其内部物流，其基本的运营情报不可避免地要向第三方物流企业公开，在日益激烈的市场竞争之下，核心竞争力成为生存与发展的重要保障，而核心运营要素的泄露成为企业实施第三方物流外包的又一心腹之患。
4、业务流程失控之忧
企业在将物流业务外包后，其生产运营便在一定程度上依赖于第三方物流企业的绩效，随着第三方物流介入程度的深入，其物流运营能力越强，对企业形成的潜在威胁愈大，企业面临一个更大的难题是某些控制权将逐渐削弱，企业对于第三方物流介入和介入程度的这种业务流程失控之忧成为限制第三方物流服务商与企业建立客户关系以及进行深入合作的瓶颈。
