自主创新是增长方式转变的中心环节。要紧紧围绕原始创新、集成创新和消化吸收再创新，加快科研体制改革步伐。重点是建立符合国家战略的科技决策机制、引导全社会科技资源高效配置和综合集成机制、财政科技投入稳定增长机制以及公共科技资源全社会共享机制。同时探索建立健全知识产权保护制度、风险投资制度、技术入股和技术期权制度。与科技体制改革相关联，要坚持把是否有利于促进人才的成长、人才的创新活动和人才工作与经济社会发展相协调，作为人才体制改革的出发点和落脚点。着力建立和创新人才培养、评价、选拔任用机制、人才创新激励机制。
三是围绕全面协调，特别是城乡协调着力推进农村经济体制改革。
十六届五中全会提出建设社会主义新农村，这是我国现代化进程中的艰巨历史任务。中国的改革是从农村起步的，但近年来农村改革却处于僵持状态。农村的改革，就经济体制而言，主要是农村土地制度改革，农户在承包期内应当可依法、自愿、有偿流转土地承包经营权；要推进农村劳动力市场化改革，逐步解决农村富余劳动力转移就业的问题；要深化农村税费改革、农村金融改革、粮食流通体制改革等；要充分发挥城市对农村的辐射和带动作用，发挥工业对农业的支持和反哺作用。通过全面深化农村改革，为促进城乡良性互动、协调发展提供体制保障。
四是围绕可持续发展推进资源环境体制创新。
中国是一个人口多、资源人均占有量低的发展中大国，非再生资源储量和可用量不断减少的趋势在短期内也不会改变，一些关系国计民生的矿产资源，特别是石油严重短缺，资源环境对经济增长的瓶颈制约越来越严重。从未来五年来看，经济发展与资源环境的矛盾将会进一步突出，可持续发展的压力将会进一步加大。针对这种状况，“十一五”规划建议务必把节约能源和保护环境放在突出位置。为切实实现2010年单位国内生产总值能源消耗比“十五”期末降低20%左右的目标，要在结构、技术、增长方式方面做文章，要在制度创新上找出路，如可以考虑建立“国家资源现代产权制度”、“现代环境产权制度”以及“绿色GDP”考核指标，通过一系列制度创新，使人们从利益的角度合理利用资源和保护环境，使资源资本和生态环境资本升值，从而有利于人与自然关系的和谐发展。