1982年，30岁的艾伦在一次商业旅行中突然病倒，诊断结果表明有癌变的迹象，他随即从微软辞职。经过数月放射治疗，保罗·艾伦重获健康，但却再也没有回到微软公司的一线领导层，只在董事会留了个职务并拥有28％的股份。
虽然艾伦没有和盖茨一起经历微软的成长和辉煌，但他对微软的创立至关重要，盖茨对艾伦在微软创建过程中的作用高度认可，他曾经说过，\"艾伦在微软创建和发展过程中居功至伟，没有他就没有微软。\"
随心所欲的投资者
十多年来，艾伦始终在不停地抛售微软股票，但仍赶不上涨势，1998年初，艾伦卖掉了60万股微软股票，获现金24.6亿美元，目前他仍持有微软6.4%的股份。而1986年微软股票上市时，他的股份高达28%。无疑，微软股票是其取之不尽、用之不竭的大金库。
目前他在超过150个公司、组织和基金会里拥有股份。从信息高速公路、有线电视、数字电器到NBA球队，从好莱坞梦工厂到外星生物研究所、人脑科学院，从房地产、博物馆，再到资助私人航天计划，投资方向无所不包。
频频投资，却屡屡失手，媒体把艾伦描述成一个\"随心所欲的失败投资者\"、\"最差经理人\"，\"一不留神成了亿万富翁\"等。似乎他只是因为幸运地遇到了盖茨，《福布斯》称：\"艾伦最大和唯一的成功就是与盖茨共同创立了微软公司。\"
保罗·艾伦不同意这种评价，他要告诉人们的是：这是一种用不同的成功标准所衡量的与众不同的成功投资。
不知是否真有\"艾伦效应\"，艾伦集团的高级经理比尔·萨沃里曾说：一旦艾伦投资某个领域，这个领域就会变得很有价值。但现在又有另一种\"艾伦效应\"：远远不能盈利，公司的员工反映，这些公司更像基金会，而不是竞争性的公司。
不过，他本人可不把这些放在心上，就像他自己写的一首歌《时间炸弹》中的歌词一样：\"我所做的一切也许都是错误的，我的心气依然高昂。\"
