1、企业的预算缺乏企业战略的明确指导。在没有企业战略的环境下搞预算管理，就会重视短期活动，忽视长期目标，使短期的预算指标及长期的企业发展战略不相适应，各期编制的预算衔接性差，预算管理常常处于本末倒置的状态，各年度、季度和月份预算的推行无助于企业长期发展目标的实现，这样的预算管理难以取得预期的效果。
2、企业的预算经不起市场的检验。企业经常以封闭的心态搞预算，在预算管理过程中忽视对市场的调研与预测，使很多预算指标与企业的外部环境不相容，整个预算指标体系难以被市场接受。经不起市场检验的预算制度很难有效地在企业中实施。而且，预算指标缺乏弹性，缺乏对市场的应变能力，这也使企业的预算工作难以推行。
3、企业的预算与企业的实践活动相脱节，企业编制的预算缺乏必要的客观性。很多企业以历史指标值和过去的活动为基础，确定未来的预算指标值，没有认真地对企业的未来活动作评估。如果企业及其各部门的活动变化不大，这种制定预算的方法尚可接受。在企业及其各部门的活动变化较大时，用上面的办法制定预算，会便预算指标缺乏客观性。缺乏客观性的预算指标值难以成为考核和评价员工的有效基准，这样的预算管理制度肯定效果不佳。
4、企业在预算工作中缺乏整合思想，没有融入总预算的理念。不少企业缺乏较为完整的预算指标体系，没有搞包括销售预算、生产预算、各项成本费用预算、现金收支预算、预算会计报表在内的总预算，不能将组织经营的各个阶段有机地联系在一起，而只对成本费用或现金支出进行预算控制；有的企业则只有利润预算的意识，没有亏损预算的意识，使得新企业、新项目由于处于起步时的亏损状态而缺乏应有的预算控制制度，造成了这些亏损亏得心中无数的局面。这种缺乏整合思想的预算管理经常导致各部门之间的冲突，导致预算控制的空白地带，影响了预算管理的整体效果。