第二次改革始于1996年。主要目的是为了深化股份制改革，建立规范、透明的现代公司治理制度，同时为企业募集更多发展资金。该年6月，科龙获准发行H股20135万股，募集资金8亿元人民币，并在香港联合交易所上市，成为首家在香港上市的乡镇企业。1999年，又在国内发行A股11000万股，募集资金达到10.6亿元人民币，并在深圳证券交易所实现上市。
科龙最大最彻底的革命，也就是引起诸多争议的第三次产权改革是，2001年底，以顾雏军为董事长的顺德格林科尔企业发展有限公司——受让了原由顺德市容桂镇政府实际持有的20.6%的科龙股份，成为科龙的最大单一股东。经过这次产权改革，科龙彻底解决了所有权缺位、责任主任不清的问题，为今天良性发展轨道奠定了体制基础，也使得政府意志、政经裙带对企业的影响，大企业病、“跑冒滴漏”等问题都能够得到彻底根治。
就科龙过去20年的3次产权改革而言，1992年搞内部股份制、1996年和1999年搞上市都属于“稀释型”产权改革，即通过非国有企业和个人增资扩股的方式来稀释公有资本，当时政府的态度是非常积极主动的；而2002年的“民营化重组”属于“退出型”产权改革，即直接把公有性质的产权出售给非公有制企业或个人，也符合党的15届4中全会“坚持有进有退，有所为有所不为”的精神，是具有非常历史意义的举动。
事实上，科龙“民营化重组”对于参与国有企业产权改革的民营企业、外商具有很重要的借鉴意义。许多公有制企业走向衰败，表面上看是管理疏漏造成的，其实真正的根源是产权制度和与产权制度密切相关的企业文化。许多国有企业都有一整套严密的管理制度和经营方式，它们比许多民营企业要完善和先进，但最大的问题是得不到贯彻执行。比如，2000年老科龙发动了轰轰烈烈的“科龙革命500天”，引起了国内外顶尖的营销专家、财务专家以及传播公司，但由于裙带经济的存在和政企关系难以理顺，即使是很容易操作的招标制度也流于形式。顾雏军用一句非常朴实的话说明了这个问题：“泛讲国有好还是民营好没有意义，但通常民企的主人会认为，这企业是他的，拼死都要管好。”这就是为什么“民营化重组”后，新科龙彻底铲除了老科龙司空见惯的“山头主义”、搞小圈子、搞裙带经济和灰色收入的根本原因。
