（三）改进审计方法，调整审计重点，提升审计执行水平
在审计方法上，要针对会计集中核算形成的新的特点，出现的新情况，不断探索总结，积极改进审计方法，注意在以下几个方面做好工作：一是审计中更加注重内部控制的测评，多从单位的内部控制制度入手实施审计。以往对行政事业单位的审计中对内部控制制度的测评运用得较少，实行会计集中核算后，增加了会计核算中心这一控制环节，这些单位的管理更加依赖内部控制，内部控制也将发挥出更多更大的作用，审计应更多地注重内部控制制度的测评和审计；二是审计机关内部各专业审计部门注意与审计机关在同级会计核算中心设立的派出机构加强联络，做到各负其责，又不相互脱节。各专业审计和派出审计机构对同一单位的审计，实际上是同一审计过程的两个环节，其分工协作十分重要。有关审计情况的交流和工作联络，可以充分运用审计机关内部的计算机网络进行；三是更加注重审前调查和日常情况的掌握，要做到对被审计单位的情况了如指掌；四是注意协调处理好全面审计和突出重点的相互关系；五是更加注重对疑点事项的及时延伸审计；六是更加注意对“活账”的审计。
在审计重点上，要针对参预会计集中核算单位各自所具有的特点，分别确定其审计重点，可一个单位建立一个档案，不断完善，不断充实，这样有利于审计时对症下药，同时也有利于派出机构的审计人员工作岗位变化后，新来的审计人员能尽快掌握情况，进入审计角色，不影响正常的审计工作。审计的重点可围绕以下几个方面进行确定；一是在收入的审计上，注重对收入项目、标准的执行情况以及收入的管理情况的审计；二是在支出的审计上，注重对大额资金流向尚未在会计核算中心进行会计核算的单位的审计；三是对审计对象的确定上，注重对未来在会计核算中心进行会计核算的其他单位的经济往来活动的审计以及所属表外单位的审计；四是注重对账实相符性的审计。