实行会计集中核算后，各有关单位的财政、财务收支核算和有关会计资料在会计核算中心，审计监督主要是通过对会计资料的审计来进行的，但它是“死账”，仅对其进行审计是难以达到深层次的有效监督的，更多的是以“死账”为基础查“活账”，也就是对与会计账相关的一些其他经济事项的审计，这是坐在会计核算中心进行审计无法实现的，有必要仍像以前那样经历查“死账”—查“活账”—查“死账”的过程，就必须从会计核算中心—单位—会计核算中心来去反反复复，会计核算中心和单位办公不在同一地点，客观上会增加审计成本，降低审计工作效率。
（五）实行会计集中核算后，对审计依法作出准确的处理处罚和中肯的审计评价产生影响
实行会计集中核算的单位，其财务收支在会计核算中心报账，是通过该中心较为严格的审核的。这种审核可以认为既是一种会计监督，又是一种财政监督。同时从某种意义上讲也是一种政府监督。经过了监督，单位的财务收支行为理应是合规、合法而且真实的。但是这些监督不能代表审计监督，这就为审计认定责任，明确处罚主体增加了困难。同时，有关会计集中核算的规定没有法律层次的权威规范，某些提法与《会计法》有相矛盾之处，这使得审计的处理处罚和审计对责任的界定评价缺乏充分的法律依据。
（六）实行会计集中核算后，对审计技术方法手段产生影响
实行会计集中核算后，使得审计机关多年探索总结的一整套技术方法不再完全实用。如审计程序的执行、会计资料的收集和取得、审计报告征求意见的形式、审计意见书和审计决定的下达方式、审计收缴款的入库、审计意见和建议的落实都会发生变化。单位违反财经纪律的问题更具隐蔽性和欺骗性，发现问题的难度加大，更需要大量的查“活账”。《审计法》赋予审计的职能手段本来就有限，在实行会计集中核算前，审计工作中就显现出审计职能手段缺乏，使一些审计事项无法深入的弊端，借助与其他职能部门的联手，又常常缺乏整体性和有机性。实行会计集中核算后，审计面对更多的查“活账”任务，审计的职能手段缺乏将更加凸现出来。