（二）实行会计集中核算后，对真实性、合规性审计产生影响
审计主要是通过对有关部门、单位财政收支、财务收支的真实性、合规性、效益性的审计，从而实现其监督目的的。在实现会计集中核算后，单位的一些违反财经法纪的事项为了达到在会计核算中心顺利审核过关并报账的目的，往往会想方设法完备有关的手续，而会计核算中心审核报账后，即使这种经济事项的会计核算处理融入了繁多的会计核算业务之中，为真实性、合规性审计增加了难度。此外，会计核算中心的审核，因多种因素的影响，在客观上增加了审计对其审核的信赖，容易产生认同感，从而也会影响到审计人员对审计事项真实、合规性的专业判断的准确性。这些因素的存在都会导致审计风险的加大。
（三）实行会计集中核算后，对审计质量管理产生影响
为了加大审计监督力度，对被审计事项查深查透，提高审计质量，各地审计机关都实行了审计质量管理，有的地方还制定了一些制度规章，如：对库存现金、有价证券等资产必审；对银行账号、对账单和余额调节表必审；对票据、收据存根必审；对未纳入汇总报表或未报送报表的单位必审；对账表、账账、账证的平衡衔接关系必审；对往来账户必审。实践表明，这些审计质量管理办法行之有效，为切实提升审计监督的质量发挥积极作用。但实行会计集中核算后，对此将产生一些影响。如对单位收入的审计，发票存根和会计记账联保存部门和地点不在同一处，勾稽核对不如以前方便，同时会计核算中心也进行了必要的审核，审计人员较易忽视或放弃，而进行这项工作恰恰是收入审计的关键点之一；再如对表外单位的审计，一个很重要的办法是通过表外单位与单位的经济活动往来以及与单位的其他紧密联系程度来进行审计，实行会计集中核算后，使得有些事项分离脱节，审计变得复杂化，从而影响审计的结果。
（四）实行会计集中核算后，对审计工作的效率和审计成本产生影响