奖酬计划过于复杂
不应只为了满足组织各种需求，而发展一个复杂的整体奖酬。完善的整体奖酬策略应该不论员工身处何种职位、阶层，都认同公司的奖酬计划可以达到激励的目标。
评量
整体奖酬面临的最大挑战就是无法有效的衡量奖酬效益。企业必须能够评量奖酬的投资与其发挥的效益是否达到平衡。对于企业而言，奖酬投资成本的计算简单，但效益的衡量却非易事。
整体奖酬效益评量所面临的挑战
整体奖酬效益的评量，可透过检视各奖酬计划是否发挥功效，并在满足员工需求之间达到平衡。
对于雇主而言，各奖酬计划能否支持并协助员工提升产能(例如：策略的执行、生产力、技能的培养等)
奖酬计划能否引导员工行为并与组织目标结合
取得奖酬计划与员工满意之间的平衡，将是发挥组织效益的重要关键
当各奖酬计划完美搭配，但却无法反应适当的价值理念时，将可能降低员工的忠诚度及生产力
展现正确的价值观念，但却无法有效结合组织需求的奖酬设计，即使赢得员工的满意，却对企业的成功无实质帮助，更糟的是有可能吸引及留置不符公司所需的员工。
为均衡各项奖酬计划而增加投资时，必须考虑奖酬与企业目标结合和员工价值之间的配合，并且必须在一特定的成本架构下进行，此做法将有助于分析各奖酬计划的成效，以及奖酬计划改变的影响。
影响奖酬设计的关键要素
整体奖酬设计不但要考虑奖酬计划本身的内容，更需要了解企业日常的运作模式。组织往往只专注于奖酬设计，却忽略其它需要配合的相关环节，例如：员工沟通、训练、奖酬落实的方式、领导能力和员工信任等。
为了使整体奖酬计划面面俱到，需从下列六个面向加以考虑：
劳动市场
了解劳动市场独特的竞争优势及求才留才所面临的重要挑战，并将此信息融入内部或外部的人力趋势分析中
