第三阶段，确定再造方案。分为六个子步骤：流程设计创立；流程设计方案；改造的基本路径确定；设定先后工作顺序和重点；宣传流程再造；人员配备。
第四阶段，解决问题计划。分为三个子步骤：挑选出近期应该解决的问题；制定解决此问题的计划；成立一个新小组负责实施。
第五阶段，制订详细再造工作计划。分为五个子步骤：工作计划目标、时间等确认；预算计划；责任、任务分解；监督与考核办法；具体的行动策略与计划。
第六阶段，实施再造流程方案。分为五个子步骤：成立实施小组；对参加人员进行培训；发动全员配合；新流程试验性启动、检验；全面开展新流程。
第七阶段，继续改善的行为。分为三个子步骤：观察流程运作状态；与预定改造目标比较分析；对不足之处进行修正改善。
潘国友的四阶段模式
华中科技大学博士生潘国友在其博士论文《企业流程再造的系统模式研究》一文中提出了一个四阶段模式。
第一阶段，再造策划（Plan）。分为七个子步骤：识别客户及其需求；树立愿景；明确再造战略；确定再造领导人；营造再造环境；组建再造小组，指定流程主持人；制定再造实施计划。
第二阶段，重新设计流程(Reengineering/Redesign)。分为四个子步骤：翻新流程；新流程试验；新流程完善；新流程检验。
第三阶段，流程规范化(Systematize)。分为四个子步骤：对新流程规范化、制度化；设计新的组织结构；构建新的岗位系列，指导和培训员工；建设新的IT结构和信息管理系统。
第四阶段，再造实施(Do)。分为两个子步骤：新旧流程切换；评估新流程。
四个阶段是循环进行的，可根据需要并行作业。潘国友还据此提出了企业流程再造系统模式的循环模型，循环模型由一个大圆和一个与之相切的小圆组成，外切圆表示企业流程再造的循环过程，内切圆是流程翻新阶段的循环过程。
