20世纪90年代以来，随着国际贸易发展速度不断加快，对各口岸部门的工作速度提出了更高的要求，出入境检验检疫机构作为口岸工作的重要一环，其工作效率的高低直接关系着国际贸易货物的通关速度。
近年来，我国检验检疫机构实施了以“大通关”为目的的电子检验检疫系统的建设。从2000年7月起，国家质检总局先后开展了基于内部业务流程管理的CIQ2000系统和以“电子签证、电子报检、电子转单”为主要内容的信息化系统的建设，提高了检验检疫工作效率，加快了进出境货物的物流速度，为国际贸易各方节省了时间和运行成本。
但我们也应该看到，检验检疫电子化进程是一项复杂的系统工程，由于受到技术或传统观念（包括来自传统法律）的障碍，还存在着许多不尽如人意的地方，需要不断地进行有针对性的改善与解决。例如在推行“电子报检”业务时，由于当时缺乏对无纸化记载的信息是否具有法律效力的规定，所以仅实现了部分信息的电子化而没有从根本上取代物理单据，使其成为一项并不十分彻底的改革……
电子信息和物理单据的“双轨制”运行方式导致了工作效率低下。一方面，企业在通过电子平台提供报检信息的同时，还要填报物理的报检单证和提供随附单据。毫无疑问，这种做法为企业和检验检疫机构增加了许多不必要的重复劳动。另一方面，在“双轨制”模式下，检验检疫人员必须在物理单据到达后，核对电子信息和物理信息的相符性，影响了工作效率的提高。此外，由于随附单据格式的多样性以及因为反复传真、复印引起的辨认识别困难更加重了检验检疫人员的工作负担。
因涉及商业机密等因素，虚假报检信息屡屡出现。根据检验检疫相关规定要求，报检事宜应由进出口货物的收发货人或其代理人完成。同时，在报检时必须提供包括合同、发票、装箱单等随附单据。目前，报检事宜常常由出口货物生产企业或进口货物使用方代办，由于涉及到货物价格、贸易方信息等商业机密，进出口贸易方往往不愿将真实的外贸单据提供给代理人，所以在目前进出口报检中常常出现虚假单据。这种情况的出现，严重影响了检验检疫工作的正常开展，也影响了检验检疫计收费工作和统计数据的准确性。
