第一阶段：改制企业对各类资产进行全面清查阶段的会计处理。
财政部财企[2002]313号文规定：改建企业应当对各类资产进行全面清查登记，对各类资产以及债权债务进行全面核对查实，编制改建日的资产负债表及财产清册。资产清查的结果由国有资本持有单位委托中介机构进行审计。资产清查的结果连同审计报告按照财政部有关企业资产损失管理的规定确认处理。
在该阶段，对清理出的各项资产盘盈、盘亏、毁损、报废以及按国家规定统一清理挂帐而未处理的潜亏、亏损挂帐、产成品清查损失，报经主管财政机关审批后冲减未分配利润、盈余公积、资本公积，不足部分冲销资本金。企业应作如下会计调整分录；
借：未分配利润、盈余公积、资本公积、实收资本
贷：各项损失的资产类或负债类科目
第二阶段：资产评估增减值的会计处理。
由于该部分涉及到企业所得税的调整问题，即资产评估增值部分所计提的折旧不得在所得税税前抵扣，作该部分会计处理时，应首先考虑对企业所得税的影响。
在实际帐务处理过程中，如何将评估增减值一一计入到单项资产价值中去，涉及的工作量相当大，实际处理时可考虑按照税法规定采用综合调整办法。即将资产分类处理，如房屋建筑物评估增值时，可在固定资产房屋建筑物明细帐部分单列一项改制时评估增值明细项目；如机器设备评估减值，可在固定资产机器设备明细帐部分单列一项改制时评估减值明细项目。
因资产评估而引起相关资产价值的增减变化在实际帐务处理时可以有两种方法：
第一种方法：企业选择按评估价值计提折旧，增值部分的折旧按递延税款处理。
1、将评估价值入帐时：
借：相关资产评估增值额
贷：资本公积
贷：递延税款（评估增值额×所得税税率）
2、计提折旧、使用或摊销，结转计入应纳税所得额时，其应交的所得税：