第2步、公司运行方式：两权分离VS两权合一
不管我们愿不愿意看到这样的结果和结论，它都明确无疑地成了事实——为了实践“国有企业要建立现代企业制度，其关键在于两权分离”之理论，20年来，从中央政府到地方市县、从官方政策到学者研究，都津津乐道于“两权分离”。但20年来的实践却表明：两权分离并没有取得预期的效果。
实际上，西方近二十年来重新兴起了一股“从两权分离回归到两权合一”的大浪潮。西方实行两权分离的公司屡屡发生经营者腐败、经理层侵害公司和股东利益、大股东操纵公司损害中小股东、甚至跨国公司被内部人搞垮等等恶性事件。在这样的社会背景之下，西方兴起了“中小企业将成为21世纪主流企业”的浪潮，许多大公司也因此而化大为小、化整为散，集团式大企业也不再是传统的“总分公司制”，纷纷改成“母子公司制”。（总分公司制中，分公司不是独立法人；而母子公司制中，各个子公司都是独立的中小型企业法人。）这种做法可以避免两权分离带来的种种弊端。
西方的“两权合一”浪潮，有力地证明了一个事实：两权分离并不是解决中国国企深层症结的灵丹妙药，中国20年来的国企改革并没有抓住问题的深层本质。
所以，我们必须重新认识我国国企改革。根据科斯定理，在国有企业里，人们的个人利益及目标常常与组织（即国企）的利益及目标不致、相背离，在这些情况下，国企的利益对于主管官员及经营者而言，只不过是一种“外部性”因素；而他们自己的利益则是一种“内部化”因素。毫无疑问，政府与国企，二者都是组织机构而非自然人，只不过一个是“大”组织机构、一个是“小”组织机构。社会学表明，组织机构本身是没有生命、没有意志的，它不能象自然人那样去进行思考决策，所以，政府与国企都不能“直接”维护自身的利益。归根结底，还必须由主管官员和经营者“代理（代表）”政府及国企来进行决策。在“代理”的过程中，主管官员和经营者就会在外部性因素（即政府及国企利益）和内部化因素（即他们自己的利益）之中，关心后者而牺牲前者。
