3．农业公司由于扩张过快，兼并的程序和手续不完备，导致对被兼并企业缺乏实际控制能力，导致有的企业最终退出了三九集团。
4．地方政府和企业联手弄虚作假，把企业的高额负债隐藏起来，以达到被兼并的目的。
第三阶段：多元化调整（1998--）
面对在多元化发展中出现的问题，有人提出：多元化经营使集团本来就无固定来源的有限资金被迫分散使用，降低了资金的使用效率；三九集团给人的形象是医药行业，在其他领域发展不一定能充分发挥作用，甚至有品牌稀释的风险；同时，集团的有关领导对非药业行业的陌生，增加了经营中的不确定性；另外，国内的人口平均医药消费量较发达国家有十倍以上的差距，这说明医药行业本身仍然有很大的发展潜力，花很大力气在不熟悉的领域进行探索，不如集中力量做好自己的主业。
最终，三九集团及时调整了战略思路，从资产扩张为重点向效益扩张为重点转变，重新调整了多元化方向，多元化经营的目标集中在相关多元化。集团的工作重点调整为大力发展主营业务，原则上停止了非药业企业的兼并。集团先后撤消了三九旅游公司、三九农业公司和三九汽车公司。其产业发展战略也调整为以医药为核心，包括保健品、大食品、医疗器械、文化等产业在内的生命健康产业。从此，三九集团走上了良性的发展轨道。
在三九集团多元化经营过程中，有很多成功的经验和失败的教训值得其他企业去思考：
1．在经营战略选择的过程中，应该有“先做实，再做大”的思想。否则，盲目进行多元化扩张，而资金、技术和管理等方面跟不上的话，新业务反而会成为企业的包袱，甚至会产生多米诺骨牌的连锁反应而危急到企业的生存。
2．企业有两种成长方式：规模成长和多元化成长。但实施多元化经营要具备四个条件：资金、人才、技术和管理。一般而言，对于实力一般的中小企业来说，除非现有产品市场已经饱和，需求下降，或竞争对手太强而难以维持销量，不要盲目进行多元化。
