第二阶段在2000年以后，随着市场经济的逐步深入，全国绝大部分外贸企业实行了承包到科室人头等改革措施，除了一些季节性商品之外，订单式业务占外贸企业业务的主导。出口退税电子化管理为适应这一变化，推出了单票对应法，这一方法的基本做法是，以关联号为最小出口退税申报、审核单位，每笔计算出口退税额。这种方法下，换汇成本作为考察企业的经营状况的指标，具有非常重要的价值。
二、换汇成本在外贸企业出口退税管理中的运用
（一）关联号的应用原理
关联号是外贸企业出口退税申报、审核的最小单位。通常，一笔业务的出口退税由增值税发票、出口报关单、核销单、出口发票四个凭证组成，即所谓的两单两票（按现行规定出口发票不是必报项，但大部分地区为企业方便仍采用报出口发票的方式），这四个凭证反映了该笔业务的购进货物、出口情况。在电子化管理系统中，关联号就是将这四个凭证组织在一起，使购进与出口有了对应关系。根据出口企业设定的关联号，系统将该关联号下的所有增值税发票按商品代码加权平均，计算出平均单价及平均退税率，再与该关联号下报关单出口数量乘以平均单加再乘以平均退税率出企业的出口退税额。
因此，如果出口企业根据业务的实际情况，设定的关联号下的单据张数越少，系统计算出的加权平均单价就越接近企业增值税发票的单价，每笔出口数量的退税额也就越接近业务的真实状况。这种设定对于企业来说具有重要意义，如果有换汇成本过高或者过低，企业可以很迅速找出到底是业务本身有问题还是数据录入有差错，如果是业务本身有问题，财务部门可以形成快速反应机制，制止此项业务的延续。
（二）换汇成本在电子化管理中运用
（1）审核系统中的换汇成本的计算方法
出口退税审核系统换汇成本计算公式：
出口退税出口明细申报表中同一关联号项下同一商品代码下每笔出口的换汇成本=[计税金额＋计税金额×（征税率-退税率）-应退消费税]÷美元出口额