公元7世纪，伊斯兰教在阿拉伯地区东山再起，迅速波及西亚和北非地带。伊斯兰帝国日趋强大，最终控制了从西班牙到阿富汗的广大地区，阿拉伯人佩特拉区又成了伊斯兰帝国的一个小省。此时的佩特拉几乎处于被遗弃的地步。几个世纪后，为了争夺近东控制权，伊斯兰势力与欧洲基督教各国间战争不断。佩特拉这座石城在十字军东征期间再次兴旺起来。欧洲十字军在该地建立起短命王国，把佩特拉作为他们的一个要塞，一直坚守到1189年。
公元12世纪后，佩特拉再次被遗弃。在贝克哈特来访之前，西方世界完全将它遗忘了。到如今，有价值的东西早已被洗劫一空，到处都是牲口的粪便，牧人的烟火熏黑了这些建筑。到了20世纪，佩特拉成为旅游圣地，同时也成了严肃的考古课题。
自19世纪初以来，德国、英国、瑞士、美国以及约旦等国的考古学家们都一直在佩特拉考察发掘。当代的历史学家们意识到佩特拉本身就是一个重要的文明中心，纳巴泰文明早在罗马帝国控制中东以前许多世纪就已形成。今天的考古学对佩特拉人的生活方式越来越感兴趣。
