但是，这些理论关注的只是努力行为本身，而忽视了如何使人们保持持久的努力和自我发展。也就是说，这些理论尽管能比较直观地揭示人们努力行为的本质，但却并没有揭示导致人们持久努力行为的本质。而对于任何组织而言，最关心的是如何让其组织成员能长期保持高投入状态和自我发展，而不是短期的努力行为。
因此，这些激励理论对于如何让组织成员保持持久的努力和不断的自我发展这一问题并没有很强的解释能力。换句话说，这些理论的应用并不能带来组织所想要的结果——员工的持久努力和持续发展。这可以说是现有激励理论的最大不足。
现有激励理论第二大不足就是没有把组织成员潜在能力的塑造考虑进去，而只关注组织成员的努力程度。按照我们的定义，这些激励理论只是包含激励的一部分内容。
忽略对组织成员能力的塑造以及个人能力与个人努力之间的相互作用对员工长期激励是非常不利的，或者说，这样会限制更大激励效果的取得。
因为，一方面个人的努力程度主要是一个强度指标，也就是说个人付出的增加往往只带来效率的提高，而不是效果的提升。而能力的提升则不一样，在带来效率提高的同时，还意味着效果的提升；另一方面，个人的付出水平受多种因素的影响。其中，一个极为重要的因素是个人的能力是否能得到充分的发挥。如果个人的能力没有展示的机会，这种状况下的人的付出水平是非常有限的，更不可能保持持久的努力，也就更谈不上个人的自我发展。
因此，激励不仅仅是提高组织成员的努力程度那么简单，而应该把组织成员的能力的塑造也考虑进去。只有这样，才能获得最理想的结果——组织成员的持久努力和不断的自我发展。
现有激励理论另外一个不足是这些激励理论显得过于概念化，离管理实践太远。管理者很难把它们应用于实践之中。比如说，公平理论尽管能很好地解释人们之间的攀比心理。但是，在实践中，管理者很难把握公平合理的尺度，毕竟所谓的公平都是个人的主观判断，是无法量化和衡量的。而且，这些理论往往给人一种很虚的感觉，不知如何应用到实践中，也就是说缺乏可操作性。
