以上这些成绩的取得，令人鼓舞，催人奋进。但在肯定成绩的同时，我们还应该清醒地看到，在我县的经济社会发展进程中还存在不少困难和问题，突出表现在以下几个方面：
一是工业基础薄弱。经过半个多世纪的努力，元江县的工业从无到有，从小到大，特别是改革开放以来的迅速发展，已形成了有一定规模的蔗糖、水电两个支柱产业和建材、矿冶、特色生物制品等为主的工业体系。但与全市发展水平相比却有较大差距。目前，我县的三次产业结构为35.8∶28.4∶35.8，二产业占国内生产总值的比重比全市低37个百分点，城镇化率19%。按照国际常用的衡量工业化进程的三个结构性指标（农业占GDP比重15%以下，农业就业人数比重20%以下，城镇人口比重60%以上）的要求，全县经济发展水平处在工业化初期。工业经济发展严重滞后，究其原因，首先是我县多数干部和群众解放思想、更新观念程度不够，改革开放的力度不够，抢抓发展机遇的意识不强，商品经济意识淡薄，小农经济意识较浓，“小富即安”的思想突出，束缚生产力发展的传统观念还没有彻底根除，使我县许多资源优势还没有真正形成产业优势、经济优势和竞争优势；其次是工业投入不足，现有企业资产负债率高，企业自我改造和自我发展能力十分薄弱，融资难、贷款难、担保难的问题非常突出，工业发展后劲乏力；第三是产业结构层次低、结构单一、规模小、技术起点低，现有的主要工业产品以初级原料产品为主体，精致、名优、终端产品少,附加值低，缺乏市场竞争力；第四是人才匮乏，我县企业员工队伍中管理人才、各种专业技术人才层次偏低，高素质的人力资源不足，已成为工业发展的瓶颈。
二是农业产业化水平低。我县是个典型的山区农业县，山坝经济发展不平衡。在山区，除烤烟之外再没有其他大的产业；在坝区，我们虽然搞了几年的产业结构调整，除甘蔗之外，其它产业还形不成规模，种植品种“多而杂、小而全”，产业化水平低、自然经济比重大的局面还没有得到根本改变。从目前的情况看，农业基础设施落后是制约我县农业发展的主要原因。虽然前几年我们大兴农田水利建设，修建了东峨大沟、章巴大沟、南溪河大沟、东大沟、南大沟等几条灌溉沟渠；近几年，又结合烤烟生产建了不少的小水窖，但与其它县区相比，特别是在烤烟生产上，我县起步晚，得到红塔集团投入的补助少，烟区水路配套设施不完善，加上我们以前修建的水利设施已经运行多年，设施老化，运行脆弱，我们的水利化程度仍然比较低，严重制约了农业农村经济的发展。全县还有3万人左右处于贫困状态。另外，由于我县教育发展滞后，全县人口平均受教育的年龄低，劳动者的整体素质较低，科技推广难度大，农业生产科技到位率低，也严重制约了我县农业农村经济的发展。