3、薪酬基础与组织结构不匹配
薪酬基础是企业进行内部价值分配的依据，常见的有以职位为基础，以能力（或技能）为基础和以业绩为基础三种形式。
薪酬基础与组织结构不匹配的现象主要集中在那些以职位为基础进行薪酬体系设计的企业。比较典型的情形是企业的组织结构因业务发展或其他因素频繁调整，任职者的工作范围和职责也经常随之变动，致使以职位为基础的薪酬体系无法很好的体现任职者的工作价值，失去了内部一致性。
一般来说，对于采用直线职能制，且组织结构比较稳定的企业，宜采用以职位为主、以能力（技能）和业绩为辅的薪酬体系；对于以矩阵制为主，经常进行项目制运作的企业，宜采用以能力（技能）为主、以职位和业绩为辅的薪酬体系。
4、薪酬定位不准
薪酬定位明确了企业的薪酬水平在市场上的相对位置，决定了企业在劳动力市场上的竞争地位，是企业薪酬外部竞争性的直接体现，是衡量企业薪酬体系有效性的重要特征之一。
企业薪酬定位不准确主要表现为：企业在薪酬定位时选择了错误的劳动力市场、选择了错误的参照对象，导致错误的薪酬定位，薪酬水平或者过高，或者过低。错误的薪酬定位会对企业的人工成本支出水平、人员结构、人员流动性等造成严重影响。它也是导致员工满意度下降、内部管理成本加大、体外循环增多的一个非常重要的因素。
5、薪酬结构失衡
薪酬结构是由各种薪酬单元组成，这些薪酬单元一般可分为静态薪酬（基本工资等）、动态薪酬（绩效工资、奖金等）和人态工资（福利、津贴等）三类。
薪酬结构失衡主要有两种表现：一是薪酬结构残缺，一是各类人员的薪酬单元组合比例失调。薪酬结构残缺会致使企业的薪酬体系在运行过程中缺乏足够的灵活性，无法满足多数员工在薪酬方面的不同需求。而薪酬单元的组合比例失调，如固定工资比例过高，绩效工资比例过低则容易导致薪酬的激励作用无法有效发挥。
