在行业组织现有改革和发展的基础上，如果更多借鉴日本和台湾的经验，则必须从以下几个方面构建我国未来行业组织管理模式的框架：
通过政府机构改革建立更综合性的经济贸易行政主管部门；
推广建立过渡性的行业组织促进机构，按行业划分标准和一业一地一会的原则整顿和调整现有行业组织，并积极发展新的行业组织；
建立行业主管部门为主其他相关政府机构为辅的行业组织管理体系；
颁布行业组织法律或法规，明确行业组织的性质、职能、设立和入会原则以及内部治理结构，明确行业主管部门和其他政府管理机构的职能和权限及其与行业组织的管理和合作关系。
（一）关于综合性经济贸易主管部门的建立
在日台模式中，日本的原通商产业省和台湾的经济部作为综合性的经济贸易行业主管部门在行业组织管理体制中扮演着极为重要的角色，它们基本涵盖了工业、商业贸易（内外贸）和社会服务业。将这些行业组织最为集中的竞争性行业集中在一个主管部门统一管理，有利于发挥行政资源的规模经济、便于协调行业标准的制定和对行业组织进行合理布局以及贯彻国家的产业政策。
从行业组织管理的合理性出发，我国2003年的政府机构改革本应该将国家经贸委的国有企业管理职能分离出去，同时与对外经济贸易合作部合并组建经济贸易部，由此将工商领域的经济活动集中统一管理，建立类似日本的原通商产业省和台湾的经济部的综合经济管理部门。但这次机构改革却错误地将原国家经贸委直管的15家联合会及其代管的260余家全国性行业协会44这15家联合会是中国工业经济联合会、中国企业联合会、中国质量协会、中国包装技术协会、中国中小企业国际合作协会、中国商业联合会、中国物流与采购联合会、中国煤炭工业协会、中国机械工业联合会、中国钢铁工业协会、中国石油和化学工业协会、中国轻工业联合会、中国纺织工业协会、中国建筑材料工业协会、中国有色金属工业协会。除了前5家，其余10家都是工商行业的塔尖性行业组织，它们被授权管理的中类行业协会数量达260余家。另外，原国家药监局主管的15家医药类协会则由中国工业经济联合会代管。
整体划归为新成立的国资委。尽管这些行业协会最初的会员是以国有企业为主，但目前大多已经成了跨所有制性质的行业组织；同时，原经贸委的产业政策机构（包括其所属的行业协会办公室）被划归到发改委，由此，国资委作为一个履行国有资产管理职能的机构显然不适合主管如此众多的与其职能大不相关的行业及其行业组织。
由此，我们建议尽快调整政府机构，将商务部改组为经济贸易部，同时将发改委的产业政策司和经济运行局，建设部的住宅与房地产业司，以及信息产业部的电子信息产品管理司，国家旅游局，文化部的文化产业司和文化市场司，新闻出版署的图书、报纸期刊、音像和电子出版管理司以及出版物发行、印刷业管理司等相关行业管理机构也整合进来。同时要求省（直辖）市、（自治）区以及中等以上城市也建立相应的经济贸易厅局，行使相同的行业主管职能。
（二）关于建立过渡性的行业组织促进机构
在上述综合性经济贸易主管部门尚未建立之前，至少在2－3年的过渡时期，可以推广上海和深圳等地设立行业组织发展（服务）署的做法，由国务院成立专门的“行业组织发展总署”，统一负责对经济贸易类同业组织的政策、成立审核和成立后的发展服务管理等事务，与此同时，地方中等城市以上各级政府也应相应建立相同的机构。这类机构的一个重要的职能是按照或修改完善《国民经济行业分类与代码》，对现有分散在各行业组织部门的行业组织加以分类、调整并解散那些“休眠性”行业组织，并逐步理顺从县乡镇到市省及中央各级行业组织的纵向关系，使中央级的行业联合会真正成为有根的行业最高代表组织。这一机构还负有改组传统行业协会内部治理结构，使之能够吸纳各种所有制企业入会，为尽量避免一业多会可能产生的竞争，逐步做到一地一业一会。同时，该机构还应该在新兴行业鼓励和支持建立新的行业组织。
