从这些例子中，我们可以看到矩阵结构正在受到越来越多的企业青睐，但组织结构的转变是一个痛苦而又危险的过程。俗话说：“有一利，必有一弊”，不仅矩阵结构本身存在一些缺点，而且这种复杂的组织结构在管理方面也非常具有挑战性。
基于矩阵组织结构建立的公司，无论是大型跨国公司还是小型跨区域的服务性公司，成功的关键在于地区部门和生产、业务部门之间的良好沟通和协调。要求由这两类部门人员组成的工作团队能够在各个矩阵的焦点上密切的配合，形成一种良好的内部客户关系。对最终客户即外部客户的产品或服务质量的好坏，取决于在这种矩阵关系下形成的公司内部客户关系的质量高低。因此，矩阵组织结构的潜在问题是，一旦区域部门和产品或服务部门之间的沟通和协调出现问题或发生断裂，就会严重影响公司的决策，导致无法实现对外部客户承诺的产品和服务。
IBM公司在过去的20年中也根据环境、市场经营战略的变化对企业的组织结构进行了多次的调整，以适应变化了的经营环境和战略。矩阵的结果是大家会因为某一件事展开团队工作（TeamWork），一个团队从组织结构上来说可能不是一个部门，也可能只是部门中的一部分。一个部门主管所带领的员工在某一时期可能是来自不同部门，一个员工也可能同时属于几个部门。员工处在一个信息交换频繁的矩阵中。
实际上，在多变的经济社会环境下，企业处于各种复杂的内外部环境、不同行业、不同资源状况和文化背景下，各类企业的组织结构会复杂得多。处在不同发展时期的企业、不同规模和类型的企业必须选择符合自己特定条件的组织结构，超前或一成不变，不按企业实际盲目照搬的组织结构都会影响和制约企业健康发展。
战略的变化将决定组织结构的形式。没有一种组织结构(职能制、事业部制或矩阵结构)可以适应任何经营环境和战略。但并非所有的组织结构在任何环境下和不同的战略条件下都可以发挥出同样的作用。适者生存，只有那些在环境发生变化、企业经营战略进行调整之后对企业的组织形式迅速进行调整的企业才能在激烈的竞争中得以生存。
