第二、内部审计的职能没有充分发挥。目前许多民营企业只重视内部审计防止错弊保护企业财产安全的监督职能，而内部审计的管理职能、防护职能、评价职能、建设职能等等，还没有得到足够的重视，内部审计的职能没有得到充分地发挥。
第三、机构设置不健全。现在有的民营企业将审计机构与其他部门合并，或在财会部门内设审计人员；而有的民营企业虽然设置了独立的审计机构，但与其他部门处于平行的地位。这样不能保证内部审计的独立性和权威性，影响了内部审计工作的正常开展。
第四、人际关系复杂性。民营企业内部人际关系的复杂性对内部审计的正常开展有一定的影响。当前许多民营企业刚刚脱胎于家族制，在管理上家族制的气息还很浓厚，“内部人”与“外部人”的关系还在协调，有的民营企业由多个股东组成，而各股东都有派“自己人”加入到企业管理，如果在审计过程中人际关系处理不当，可能会激发股东之间的矛盾，影响企业稳定。
第五、审计人员素质偏低。内部审计涉及到企业的方方面面，甚至企业的核心机密，有些民营企业不敢轻易让“外人”负责内部审计工作，所以在用人上会受到很大的限制。
四、如何完善民营企业内部审计制度
针对当前民营企业内部审计存在的种种问题，我认为应当加强以下几个方面的工作：
第一、加强内部审计机构的独立性和权威性。独立性和权威性是内部审计机构充分发挥职能作用的重要保证，内部审计机构要不受企业管理层的制约，独立客观地开展工作。具体的做法可以建立由董事会直接领导的审计委员会来全面负责企业的内部审计工作。
第二、将内部审计纳入企业的规范化和制度化的轨道。明确规定内部审计的职权、责任、工作范围、行为规范等，使审计工作的开展有章可循。规范化和制度化以后，才能淡化人际关系，内部审计工作才能做到客观公正。