1996年，武汉有机在武汉市柜台股票交易市场发行股票，共筹集1046.6万元，但由于后来柜台股叫停，这18.75%的股份却仍在社会人士手中，这些持股者主要为武汉市化工行业人员。
自股份制改造以来，有机的效益节节攀升，年利润增长率在10%以上。2002年公司销售额4亿元，利税7000万元，是武汉市化工行业效益最好的企业之一。其主打产品苯甲酸纳的产销量居世界第一，氯化苄产销量居国内第一、全球第四。
1995年时，武汉市化工系统有19家国有企业，到2003年初只剩下4家，其中规模最大的武汉葛化集团(为武汉有机的控股单位)多年业绩不佳，仅2002年的亏损额就达9000多万元。惟武汉有机一枝独秀，职工工资在1000元左右，远高于武汉市企业的平均水平。
但由于国有股\"一股独大\"，武汉有机的问题也开始暴露，而且越来越严重。
首先是人才不断流失。
2000年，经上级核准，武汉有机总经理的月收入为1000元、副总经理800元。到2001年时，总经理的工资为1500元，副总经理1200元。到2003年9月改制前，总经理的工资增至2500元，副总经理为2000元。
据公司内部决定，公司科技人员底酬为每月1500元，项目完成后可有4000元至2万元奖励等，一般而言，中层干部和科技骨干最高的年收入可达4万元。
显然，武汉有机是一个价廉的人才富矿，每到年底，来有机重金挖人的企业比比皆是，他们开出的价码至少是月薪5000元、年终奖10万元，甚至还分配股份。
面对如此悬殊的收入差距，自2000年以来，从有机\"跳槽\"的科技和营销骨干近20名，大都跑到浙江、广东的民营企业。这些人还往往带走的一个新产品、一片市场，他们所去的企业逐渐成为武汉有机强劲的市场对手。
武汉有机的另一个痛楚就是屡遭\"劫富济贫\"。
1995年7月，武汉化工原料厂宣告破产，上级领导对武汉有机说：\"他们与你们同属一个系统，他们没饭吃了，你们帮助背一下。\"要求有机将该厂整体收购，恢复生产。当时，武汉化工原料厂有2086人，每月发工资就需60万元，启动生产每月将亏损100多万元。在上级部门\"不换思想就换人\"的压力下，有机被迫接管武汉化工原料厂。近年来，有机为此付出了3600余万元的代价。