我国连锁商业还存在不少问题和困难，一是体制制约，连锁经营跨区难，统一难。二是资金紧缺，网点少，货款困难，利息负担重，规范效益难以发挥。三是缺乏规范，管理水平跟不上。四是手段落后，现代化水平低。五是法规不健全，无法可依。目前，我国商业企业电子化程度低，通讯设施不发达。城市交通状况不好，运输手段落后，给集中供货带来困难。条形码尚未普遍实行，有的虽配有可识别条形码的电脑收银机，也不能发挥作用。这些都在一定程度上影响着连锁经营的统一运作。
三、自由连锁的含义及发展障碍
自由连锁通常是指中小零售店铺通过自愿联合的方式而组成的经营联合体。同正规连锁和加盟连锁所不同的是，自由连锁群体的各店铺仍保持着独立的或相对独立的所有权和经营权，财务上也独立核算。其联合的形式，主要表现为商品采购上的联购分销和业务经营上的互利合作。自由连锁的组织方式主要有两种：一种是由中小零售店铺自发联合所组成的相互合作的利益共同体；另一种是由批发企业出面，将一批中小零售企业组织起一起的经营联合体。从国外来看，自由连锁的出现主要是由于大型百货商店和正规连锁企业的发展，给中小零售企业的经营带来了很大的竞争压力。中小零售企业为了形成必要的规模效应，以增强对大型企业的抗衡能力，就开始走联合发展的道路，从而组成了自由连锁的经营群体。
我国城市的零售商业从90年代以来，也开始向大型化，现代化和连锁化的方向发展，出现了一大批大型的现代化百货商店和大卖场，出现了许多正规连锁和加盟连锁的超级市场和便利店，客观上也给分散经营的中小零售店铺带来了很大的竞争压力。应当说，自由连锁形成的市场环境条件已经存在，然而在我国自由连锁却没有得到很快的发展，究其原因，主要以下一些：
1、商业的社会组织化形式仍带有很强的计划经济色彩。
我国零售商业的社会管理长期以来处于严密的计划体制控制之下，条块的归属关系十分明确，包括那些一二十平方米的烟杂店、油酱店，也都有其上级主管公司和主管部门。很长一个时期中，商业管理体制的改革，大多仍属于管理系统内部职权与利益的调整，并没有使商业零售店铺真正摆脱计划管理体制的束缚，成为完全独立的市场经营主体。所以在连锁经营的发展过程中仍体现出明显的政府推动的痕迹。不少连锁企业的组成，实际上是原管理系统成建制的转换，并在原管理系统的控制之下有计划地发展。所以这样形成的连锁企业，就必然会是以正规连锁或加盟连锁的形式出现了。处在计划管理体制之内的中小型商业是不可能向自由连锁方向发展的。
