现代企业对部门经理的职能界定上最主要的一项就是：对本部门的成本进行有效控制。如果部门经理们真正对本部门实施了有效的成本控制，实际上就实现了整个企业的成本控制目标。
因此实行以部门为单位的“部门核算”方法是一个有效的工具。
部门核算是一种针对部门进行的经济控制考核方法，也是一种充分授权部门经理的经济核算方法。主要内容是：对各部门下达全年度的成本、利润指标，在这个指标的控制下，部门经理可以自行决定本部门收支项目，公司指定财务、行政、审计等部门（或者是一个专门的项目小组）定期对其进行监督检查、费用稽核，定期进行公布，年终进行汇总，兑现奖惩，部门经理在整个部门的费用上有充分的自主权，但同时也承担完全的责任。
为刺激部门经理和员工的成本控制意识，一般的核算办法中都包含这样的信息：凡年度成本低于预算、利润高于预算的部分按比例进行奖励，奖励的方法是按照一定比例进行部门提留，反之进行相应惩罚。年度费用的控制结果将直接影响部门经理下一年度的薪资待遇，企业通过对部门经理的控制、员工本身的控制意识增强以及员工——部门经理间的自觉监督实现了成本控制的目标。
部门核算的指标包含经济收支但不局限于此，可以有其他指标，比较常用的有：薪资、嘉奖、员工带薪休假等；
部门核算优点是充分授权部门经理，极大地调动了中层管理人员、员工的积极性和责任心，成本利润与个人（部门）利益挂钩，每个部门、每个主管、每个员工都会密切关注成本利润，追求最低成本和最大利润，从而实现公司经营成本降低和利润最大化。
可以说部门核算解决了两个问题：部门主管不管和没有依据管的问题，没有制度就没有执行的依据，部门主管怎样来管？为什么管？往往会导致这样的问题：部门主管做“好好先生”——只要员工申请就签字，或者部门主管想控制，但有依据吗？没有。