（二）应税企业分立的纳税处理。如果企业分立不符合免税重组条件，或未履行规定的审批手续，按照国家税务总局《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号）的规定：“被分立企业应视为按公允价值转让其被分离出去的部分或全部资产，计算被分立资产的财产转让所得，依法缴纳所得税。分立企业接受企业被分立企业的资产，在计税时可按经评估确认的价值确定成本。”对被分立企业的股东，其股权投资的计税成本应保持不变。
依据国税发[2000]119号文件规定，被分立企业的股东取得分立企业的股权（简称“新股”），如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权（简称“旧股”），新股的成本应以放弃的旧股的成本为基础确定。如不需放弃旧股，则其取得的新股成本可以从以下两种方法中选择：直接将“新股”总投资成本确定为零；或者以被分立企业分离出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调整减低原持有的旧股的成本，再将调整减低的投资成本平均分配到新股上。
例：A公司系由甲、乙两个投资者共同投资设立的一家有限责任公司，每位股东均出资500万元，A公司注册资本1000万元，现拟将A公司的一个分部分立设立B公司，A公司存续经营且股东不变。B公司成立后，除向A公司原股东支付股权外，未向A公司及其股东支付其他任何利益。A公司分立前资产、负债和净资产的账面价值分别为3800万元、2500万元和1300万元，评估后价值分别为4500万元、2500万元和2000万元；分立后B公司资产、负债和净资产的账面价值分别为1600万元、900万元和700万元，评估后价值分别为1800万元、900万元和900万元。
根据上例，有关当事各方的所得税处理为：
1.由于企业分立时未发生非股权支付额，对A公司不计算分立资产的转让所得，即分立出去的净资产虽然高于账面价值200万元，但视为免税重组。
2.A公司在分立时如果有未超过法定不亏期限的亏损，可按B公司分立的净资产占A公司的比例进行分配，由B公司在分立后的剩余补亏年限内弥补。