1、有的地区或出口企业软件出口报关，其商品代码是9803类的，按政策规定享受免税，其税收负担接近于零。
2、有的地区或出口企业软件出口报关，其商品代码是8524类的，因为退税机关在办理出口货物退(免)业务时，出口货物的退税率是根据报关单上出口商品代码来确定的，而且全部都是计算机操作和审核，企业报关出口是什么商品代码，计算机自动按照商品代码所对应的退税率来计算企业的退（免）税额。由于8524类的商品代码其征税率是17%，退税率是13%。这样就会出现软件出口企业出口的软件应承担接近4%的负担率。企业没有充分享受到免税政策。
3、由于软件出口报关存在上述第二条所述的问题，有的出口企业采取相应的对策，采取买断的方式出口，也就是说有第一家软件开发企业开发软件后，卖给软件出口企业出口，实行的税收政策是即征即退（虽然政策规定用于出口退（免）税的货物不实行即征即退政策，但是税务部门无法知道下一家软件出口企业是否用于出口），计征17%退14%，同时给软件出口企业开增值税发票做进项抵扣，而软件出口企业出口本来应该报9803类的商品代码，可是由于海关给报8524类商品代码，致使软件出口企业又取得13%的退税，给国家造成损失。
（二）福利企业生产出口货物的退（免）税政策问题
国家对福利企业销售的不出口的货物实行即征即退政策，对其销售用于出口的货物不实行即征即退。在今年6月1日前，福利企业向外贸企业销售出口货物的时候要求开具专用缴款书，福利企业不实行即征即退。但是对于福利企业向生产加工出口企业销售货物，不需要提供专用缴款书，无法确认购进货物的生产企业是否用于出口，造成福利企业的当地征税机关给予即征即退，而购买福利企业原材料生产产品出口，退税机关并不知道该出口生产加工企业是从福利企业购买的原材料或包装物，则实行“免、抵、退”税政策。这样，就造成了重复退税。