对分公司资金支出的授权，使分公司拥有部分财务支配的能力，因此必须对分公司财务支出进行监控。常规的事前控制方法就是要分公司实行预算制度，使资金“算了再用”；总公司也可以据此了解各分公司预算资金盈缺状况，在各分公司内合理调配资金，提高资金的使用效率。常规的事中和事后控制则依靠健全的会计核算和控制制度。
二、预算管理
总公司授权分公司管理其资产，对应的责任是通过经营资产实现利润，因此总公司于财年预算前要向分公司协调确定利润目标，以量化规范总公司对分公司权责利安排；分公司应据此编定销售、生产、成本、费用、采购等业务年度和各月预算，并把各业务预算分级归口落实到车间、班组直至个人，形成有效的分公司内部各级责权利体系；分公司再依据各业务预算编定资金预算和预计报表等财务预算，总公司可以据此掌握各分公司预计资产负债和损益状况，进行资金的预算平衡和合理调度。
预算管理体系运做的核心是责权利体系，所以必须要保证每一个层次责权利安排的有效。在分公司层面，是总公司检查并考核其年度经营目标，通过合理的人事和薪酬制度，激励和约束分公司总体经营；在分公司车间层面，是分公司检查并考核其成本控制、费用支出、材料耗用、设备管理等日常财务目标，同时也要对车间层面制定和预算权责相匹配的劳动人事制度和激励、约束机制；依次向下，对于必要的预算控制项目，要落实到相关的个人。
三、会计核算
对分公司应按照规定的会计制度，严格进行会计核算和控制。总公司对分公司的会计核算一般有两种方式，一种是集中在总公司，一种是下放到分公司。集中的方式可以使总公司及时掌握所有财务信息，便于总公司管理，但却不利于调动分公司的积极性；相反，下放的方式具有较强的激励作用，却有碍于总公司了解详细信息，如果完全下放（即分公司自行设定财务部门和人员），还可能增加总公司的审计成本。所以，如果采取下放的方式核算，则应由总公司向分公司委派财务会计人员，即会计业务下放，而会计人员集中。另外，良好的计算机网络财务系统的建立，将弥补下放核算方式总公司不能充分了解会计信息的不足。