作为税收优惠主体的非营利组织的设立必须经过有关机关的审批。审批机关必须对批准成立的非营利组织进行定期的检查审核，以确认非营利组织的非营利性与公益性，对于不符合非营利性与公益性的应当坚决撤销审批，防止一些单位假借非营利组织的名义从事营利活动。
（二）对作为税收优惠主体的非营利组织免征所得税、营业税与增值税
对符合税收优惠条件运行规范的非营利组织，为促进其持续发展，应当给予免征所得税、营业税与增值税的税收优惠。
为了使非营利组织获取更多的资金服务于社会公益事业，应当允许非营利组织在一定的范围内从事与非营利事业并不相关的经营活动，只要这些经营活动的所得不是组织的主要收入来源并且这些经营活动所得将用于拓展非营利事业。因此，免征所得税的优惠不仅仅包括对非营利组织的非营利活动所得免税，也应当包括对非营利组织的其他所得免税；免征营业税与增值税的优惠不仅仅包括对非营利组织从事非营利业务免税，也应当包括对非营利组织从事其他经营活动的免税。
（三）对作为税收优惠主体的非营利组织的非公益性支出征收支出税
非营利组织的支出分为公益性支出与非公益性支出。公益性支出是指为开展业务活动以实现其社会公益使命而发生的各种资金耗费；非公益性支出是其他方面发生的各种资金耗费。公益性支出应当在非营利组织支出中占绝对大的比率，而非公益性支出则应当被限制在一定的比率内。
为了促进非营利组织最大限度地实现其为公益服务的社会使命，将收入与所得尽可能多地用于为公益服务，应当对非营利组织的非公益性支出征收支出税。当然，这需要制定政策以正确划分公益性支出与非公益性支出。（四）对向非营利组织捐赠的单位与个人给予所得税优惠为了鼓励社会各界支持非营利组织的发展，促进非营利组织更好地实现为公益服务的社会使命，任何单位和个人在向作为税收优惠主体的非营利组织捐赠时，应当给予其所得税优惠，即允许捐赠人交纳所得税时按照一定标准将捐赠款从应纳税所得额中扣除。