有研究者认为这是外星人所为。他们根据哥斯达黎加等处印第安人古代传说，并结合该处石球的巨大体积、精确程度、外表雕刻的神秘图案和符号，以及它们特殊的摆放位置判断，石球之谜可能与地外文明有关。有科学家认为：“这些大小不一的石球放在那里是有一定目的的，例如，它们代表天上不同的星体，彼此相隔的距离表示星体间的相对位置。这很可能是宇宙来客给地球的纪念品，他想向人类传递某种信息。”
有人认为石球与外星使者乘坐的一种球体在地球上着陆有关。因为人们普遍相信，球体是星际宇宙飞行工具最相宜、最适当的形式，球体对于在宇宙中飞行来说，是所有几何形状中最自然的一种。巧合的是北塔山上空曾多次出现过不明飞行物，而在国外其他发现石球的地方，也都曾有过出现不明飞行物的记载。
北塔山神秘石球究竟属于上述哪一种原因造成，目前相关专家还没有作出令人信服的说法，也许，它是人类尚未认识的一种力量所创造，不管是人为造成的，还是来来自大自然的鬼斧神工，还是外星人，而这一谜案还将继续留给后人的破解。
