现在，第三眼的功能和另两只眼睛相比虽然功能迥异，但还是有点“藕断丝连”，松果腺体对太阳光有极强的敏感性，它通过神经纤维与眼睛相联系。松果腺体在太阳光十分强烈时受阳光抑制，分泌松果激素较少；反之，碰到阴雨连绵的天气，松果腺体就会分泌出较多的松果激素。
此外，人们发现在第三眼的组织结构中含有钙、镁、磷、铁等晶体颗粒。刚出生的婴儿根本没有这种奇怪的称之为“脑砂”的东西，在15岁以内的孩子中也极为少见，但是15岁以后，“脑砂”的数量就开始逐年增加。在第三眼中有那么一小堆砂子，竟丝毫不会影响它本身的功能。看来，科学家对其的研究还有待深入。
