越王勾践伐吴的秘密战备基地说，是目前对石窟形成时代最悠久的一种猜想。公元前494年到公元前473年，越王勾践“十年生聚，十年教训”，《史记》载，伐吴越军总数为49000人，全在外秘密训练而成。
屯兵说。据《新安志》载，东汉时期，孙权为铲除黟、歙等地山越人，派大将贺齐屯兵于溪水之上，后改新安江上游这些水域为“屯溪”。这也似乎印证了花山谜窟是贺齐屯兵和储备兵器弹药的地方。
采石场说，是最普通的一种用途说。徽州留有许多做工精巧的古民居、古桥、古道，还有渔梁水坝等古老水利工程，花山谜窟恰处于新安江边，大量石料是否通过新安江而运输到徽州各地作为建材？
徽商屯盐说，是指这些石窟由于屯放盐等大量的货物需要而开凿的。自古以来，徽商的足迹遍及天下，其中尤以明、清朝代的盐商更为出名，而古徽州的对外运输渠道即为新安江，石窟为徽商的仓库。
功能转化说认为，这些石窟并非某一朝代某一时期一次性完成的，而是在漫长的历史中不断开凿而成的，最初可能是为采石，但后来人们又将它用作避难、屯兵、储粮等用途。这种假说可以解释同一石窟中石纹凿痕不同、花纹图案不同的现象。
