为什么会清浊互换？为什么会如此有规律？水上为什么会出现黄色漂浮物？当地地质工作者初步分析后认为，两井地质结构存在裂隙，天热时，地下水进入上木井裂隙，地下硫化物随地下水浸入上木井，就有可能形成黄色漂浮物并导致上木井变浑。而天变冷时，地下水改变方向进入下木井裂隙，于是就出现了清浊互换。
但居民取上木井的水时，下木井的水位会同时下降，反之亦然。这说明两眼井水相通。地下水又是为什么“清浊分明”的？古人打出如此巧妙的鸳鸯井，是巧合还是他们已掌握地下水流方向变化的规律？相关人士称，这些难解之谜尚待进一步研究破解。
