原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。就是今天南京王府大街向南千米右手旁边的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。在前人的文字中同样可以找出这方面的记载，清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》称，“钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违(自注云：世传高皇帝龙蜕在是宫，不在陵也)。”这里说的很清楚了，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，而真正阴间“睡觉”的地方在“宫”（朝天宫）。
民间还有一个说法，来验明这个观点。据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭？说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
朝天宫，宋代时为天庆观，元代叫元妙观、永寿宫，朱元璋定都南京后，改为朝天宫，那时“百僚朝贺习仪于此”。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允炆“速葬”朱元璋、大摆迷魂阵、十三城门出殡找到了合理的解释和可能性，朝天宫在城里，速葬起来很方便的；如果葬在孝陵内，就没有必要搞假象。但后世好多学者都不信。
