神舟飞船在历次飞行任务中的出色表现，以及载人航天工程从一开始就完整考虑的前瞻性设计，使得神舟飞船足以胜任我国未来空间站的天地往返运输任务。在神舟飞船定型后，它可以在空间站上停靠半年，同时作为乘组长期驻留空间站期间的“救生船”。在航天员乘组轮换期间，可以有两艘神舟飞船同时对接在空间站上。
神舟飞船作为我国未来空间站的标准天地往返运输工具，采用了符合国际标准的导向瓣内翻式异体同构周边式对接机构。这样的设计在救援任务中特别有用，理论上也具备造访国际空间站的能力，而其他国家的载人航天器也可以经过较小改动后造访我国的空间站。这为将来开展载人航天国际合作，包括空间救援和飞船—空间站的互访，提供了极大的可行性。
可以预见，随着新技术的不断出现，神舟飞船也会不断改进，朝着更加安全、可靠、更加舒适的方向发展。
