肯尼迪遇刺身亡后，人们在总统图书馆内找到了少量有关UFO的纪录。有记录显示，肯尼迪总统的弟弟，司法部长罗伯特-肯尼迪将UFO学者的信拿给国会评论员杰罗德-福特和空军官员们看过。
有研究者认为，罗伯特·肯尼迪对UFO非常感兴趣。一些他处理UFO事件的信件后来被公开了。所以可以说，这么高级别的官员以文字的方式处理UFO问题是很罕见的。但更多的UFO学者相信，美国总统并不一定得到来自情报界有关UFO的全面汇报。而肯尼迪总统就是第一个并不了解真相的总统。因为美国流传的这种政府的阴谋论，是很早就开始的。最早可能还把总统和军方是绑在一起，但是越到后来这些总统表现出来的样子，越来越不像真的知道有外星人存在的这种情况，可能渐渐地公众就把矛头完全指向了军方。
在许多涉及外星人入侵的科幻影片中，编剧也采用了这样的思路。影片里的美国总统一般也是不了解内情的被蒙蔽的这样一个形象出现的。像在《独立日》里头的美国总统到最后的时刻才被军方告知说我们早知道有外星人存在。
但是，历届美国总统真的对UFO事件一无所知吗？
美国的第三十六任总统，林登-约翰逊曾是肯尼迪总统时的副总统。1961年9月，他就有关外星人访问地球的问题回复了来自UFO研究者的信件。约翰逊在给他的回信中说，让那位UFO研究者去找美国国家航空航天局的局长，而不是去找空军。
约翰逊总统因为一直继续前任的政策，那么使得越战不断地升级。甚至遭到了国内和国际上的很多的反对。就是这位总统在美国的UFO研究史中扮演了很重要的角色。
